2013新一代测序仪将走向何方

2019-08-15 17:28:41 来源: 湛江信息港

  尽管今年的摩根大通保健大会没有出现去年的新品频发的盛况,但新一代测序仪仍在不断进步。读长、准确性、通量、软件,无一不在变化,让测序更高、更快、更强。

  Illumina公司在2012年第三季度推出了HiSeq 2000的升级版 HiSeq 2500。它是Illumina台特有两种运行模式的测序系统,包括快速运行和高产量运行模式,可使用一个或两个流动槽,相当灵活。据Illumina介绍,今年下半年会实现快速运行模式下对2x250 bp读长的支持,这样就能够在大约60小时内获得300 Gb。

  同时,Illumina的个人型测序仪MiSeq很快也将支持2x300 bp末端配对读取,产生15 Gb测序数据。不过,更为劲爆的消息在后面。Illumina在收购长读取测序公司Moleculo之后,很快将提供新的文库制备试剂盒及分析软件,这有望使Illumina测序仪的读长达到10 kb。

  据Illumina市场部人员Abizar Lakdawalla介绍,10 kb读取的一致准确性是Q50。他表示: 目前还没有一种技术能同时实现长读取和超高准确性。因此你能够轻松地开展大型基因组的de novo测序,分析复杂的宏基因组。 长读取技术首先将作为一项服务提供,之后会推出试剂盒,让用户在Illumina现有测序仪上实现。

  另一家提供长读取的是罗氏旗下454生命科学。GS FLX+系统,再加上其软件(v2.8)能产生1,000 bp或以上的读取。超长读取更易于检测复杂基因组的全新变异,可对基因组、转录组和宏基因组学研究中一些测序困难的区域进行分析。据介绍,2.9版本的软件将在今年上半年推出,实现超长读取的扩增子测序。

  在目前的测序仪中,一提起读长,PacBio便笑了。从上市伊始,PacBio RS系统一直有着傲视群雄的读长。初是1,000 bp,之后是3,000 bp。去年底,Pacific Biosciences发布XL系列超长测序试剂,使平均读长达到5,000 bp,其中5%的读长将超过13,000bp,长超过20,000bp。据公司CTO Steve Turner介绍,到今年年底,这些数字可能再翻倍。

  Life Technologies也于去年9月推出了新款测序仪Ion Proton。它有着目前快的新一代测序流程以及快的测序运行时间,在Ion PI? 芯片上小时内完成外显子组和转录组测序。Ion PI? 芯片产量达10 Gb,读长达200 bp,一致准确性与PGM相当。据介绍,Ion PII?芯片将在今年上半年推出,每次运行可带来一个人类基因组,覆盖度达20倍。

  当然,为了促进NGS在临床中的采用,样品制备的过程必须简化和加速。Illumina发布了一系列样品制备的新品,其中TruSeq DNA PCR-Free试剂盒让样品制备不再需要PCR,从而降低了文库偏向,带来了出色的数据质量。这能够缩短流程,对挑战性的区域进行测序,并检测大量的变异。

  同时,Life Tech也发布了两款自动化模板制备:Ion OneTouch? 2系统和Ion Chef?系统。Ion OneTouch? 2系统适用于中等通量需求的实验室,而Ion Chef? 系统则是一款高端产品,适用于高通量需求的实验室。Ion OneTouch? 2 仪器可扩展,支持Ion PI? 和Ion PII? 芯片。Ion Chef?系统预计在今年上半年发售。

  不久之后,AGBT 2013将会如往常一样在佛罗里达州马可岛召开。测序公司以及各大研究机构的代表将会介绍测序方面的进展。然而,令人失望的是,Oxford Nanopore Technologies公司将缺席今年的AGBT会议。这是否意味着,我们要了解纳米孔测序的进展,还需要耐心等待。

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